Chaque village possède des allainces avec les autres ou peut être en conflit avec eux. Officiellement, ces relations sont définies par les chefs des organisations ou les Kages, mais elles peuvent être provoquées par des évenements qui n'ont rien d'officiels (ex: une dispute qui dégénère entre les ninjas de villages différents).
Il existe quatre statuts de relations:
-Alliés
-Neutre
-Relations tendues
-En guerre
*Ce tableau récapitule les relations entre les différents groupes (les Nukenins n'y sont pas car ce n'est pas une organisation, chacun agit de son propre chef, et l'Akatsuki non plus car ils ne sont pas censés avoir d'alliance, ils sont considéré "en guerre" avec tous les pays):
X | Konoha | Suna | Kumo | Kiri | Oto | Iwa | TAKA |
Konoha | X | Alliance | Relations tendues | Relations tendues | alliance | neutre | alliance |
Suna | alliance | X | relations tendues | relations tendues | alliance | neutre | alliance |
Kumo | relations tendues | relations tendues | X | alliance | relations tendues | neutre | neutre |
Kiri | relations tendues | relations tendues | alliance | X | relations tendues | neutre | relations tendues |
Oto | alliance | alliance | Relations tendues | Relations tendues | X | neutre | alliance |
Iwa | neutre | neutre | neutre | neutre | neutre | X | neutre |
TAKA | alliance | alliance | relations tendues | relations tendues | alliance | neutre | X |